Jedna z nejstarších církevních staveb Opavy byla postavena poblíž původního severního úseku městských hradeb. Dnes bychom druhý největší opavský církevní objekt nalezli v prostoru mezi ulicemi Pekařskou, Mnišskou a Solnou. Pohnuté osudy kostela se často prolínaly s tragickými událostmi v samotném městě a v průběhu historie zanechávaly na budově nesmazatelné stopy.
Existuje hypotéza, která klade počátek sakrálního využití plochy u dnešního chrámu hluboko do minulosti. Vznik kostela s klášterem lze však bezpečněji odvozovat od roku 1291, kdy měl opavský vévoda Mikuláš I., nemanželský syn krále Přemysla Otakar II., vydat dominikánskému řádu listinu k založení těchto objektů. Stavba gotického kostela z lomového kamene se protáhla na dobu několika desetiletí a byla dokončena až za Mikuláše II. Na jeho přání byl chrám, zasvěcený sv. Václavu, roku 1336 vysvěcen olomouckým biskupem. V té době měl kostel podobu bazilikálního trojlodí, které bylo členěno osmi pilíři ve dvou řadách. V jeho dlouhém a vysokém presbytáři s pětibokým závěrem a dvěma bočními kaplemi zůstalo uchováno do dnešních dní několik původních pamětihodností. Vedle tufitové kružbové okenní výzdoby v podobě kruhu s vepsaným pětilistem a tří později zazděných románských oken ve venkovním zdivu jižní kaple sv. Dominika je to především vzácná fresková výzdoba. Zachované zbytky gotické nástěnné malby představují dva cykly legend o sv. Janu Křtiteli a sv. Štěpánovi a unikátní zobrazení samotného autora s nápisem Nicolaus pictor.
Během 15. století byl kostel několikrát poškozen požáry, v důsledku kterých bylo nutné pořídit nové krovy. Ve stejném období došlo rovněž k přeměně sakristie na severní straně presbytáře v kapli sv. Kříže, jinak též známé jako Moravská kaple. Zde se konala kázání v českém jazyce. V roce 1556 kostel postihl další požár a nedlouho po jeho více než dvacetileté opravě byl chrám vydrancován luterány. V samém závěru 16. století prošla kaple sv. Dominika renesanční adaptací, kdy byla rozdělena zdí na sakristii a kapli Mošovských, kteří si v kostele zřídili rodovou hrobku. Nedlouho poté byla před severozápadní průčelí vztyčena zvoniční hranolová věž s renesanční atikou. V průběhu třicetileté války byl objekt vyrabován vojskem krnovského knížete Jana Jiřího a v kostele byla zřízena konírna. O několik let později se situace opakovala, když do Opavy vpadla dánská armáda. Při zpětném dobývání města Albrechtem z Valdštejna zasáhl kostel s klášterem požár, který zničil střechy a poškodil věž. Katastrofy 1. poloviny 17. století završil další oheň v roce 1651, velký požár Opavy roku 1689 se ale objektu vyhnul. Mohla tak probíhat raně barokní obnova, která vyvrcholila po roce 1732 radikální přestavbou v barokním stylu.
Při této přestavbě došlo k nahrazení původního gotického zaklenutí lodě a presbytáře valenou klenbou a byly dozděny mezilodní arkády, které tak získaly půlkruhové oblouky. Hlavní loď a presbytář byly vyzdobeny freskovou výmalbou zpodobňující svatováclavské legendy, kterou zhotovil vratislavský malíř I. Depée se svým pomocníkem F. K. Sambachem. Depée pak opatřil boční stěny lodi výjevy ze života sv. Dominika a z historie řádu, které byly doplněny ornamentální výzdobou M. Schwegela. Nový hlavní oltář a několik bočních vytvořil sochař J. J. Lehner. Byly to vedle střechy a krovů především právě oltáře, které byly poškozeny při požáru v roce 1758, kdy bylo město okupováno pruskými vojáky. Následující obnova však byla pouze epilogem za historií svatostánku.
Po poslední bohoslužbě v roce 1786 byl kostel s klášterem zrušen a následně začal chrám sloužit jako vojenské skladiště, pro jehož účely byla uvnitř vybudována třípatrová dřevěná konstrukce. Během následujícího století probíhala postupná likvidace některých částí kostela, například věže nebo loretánské kaple z konce 17. století stojící při západním průčelí. Místo vstupního portálu byla instalována široká vrata pro vjezd vozidel. Později mimo jiné zanikl také polygonální závěr presbytáře, který nahradila rovná stěna. Na přelomu 19. a 20. století vojenská správa z kostela odešla. Začínající opravy však přerušila válka a objekt byl znovu svěřen vojsku, což se nezměnilo ani za první republiky. I během okupace sloužil chrám armádě, tentokráte Wehrmachtu. Poválečnou snahu Jednoty pro obnovu kostela sv. Václava zmařil poúnorový vývoj a bývalý svatostánek následně sloužil jako sklad kulis divadla, později pro účely skladování obchodního domu. V souvislosti s rekonstrukcí kláštera a jeho přestavbou na Dům umění začala na konci 60. let rovněž obnova kostela s plánem jej do budoucna využívat jako výstavní síň či koncertní halu. Postupná renovace objektu vyvrcholila v letech 1999–2001 obnovou fasád a o pět let později důkladnou restaurátorskou konzervací interiéru. Dnes je tak kostel otevřen nejen pro účely různých kulturních a společenských akcí, ale je rovněž dokladem bohaté historie a proměn. Jeho provoz v současnosti zajišťuje Opavská kulturní organizace.
