Kostel sv. Jana Křtitele ve Smetanových sadech při Janské ulici dnes na první pohled jen vzdáleně připomíná svůj pozdně středověký původ. Jeho historie je pevně spjata s řádem johanitů, známým též jako řád maltézský. Do českých zemí přichází po polovině 12. století, o půl století později je výskyt „rytířů s bílým křížem“ doložen i v dnešních polských Hrobníkách. Ve třicátých letech 14. století nechal opavský vévoda Mikuláš II. postavit na Ratibořském předměstí v Opavě při mlýnském náhonu špitál a kapli sv. Mikuláše. O dvě desetiletí později je pak svěřil do péče právě hlubčicko-hrobnickým johanitům. Tři roky na to do jejich správy připadl také nově vystavěný kostel zasvěcený sv. Janu Křtiteli a sv. Janu Evangelistovi při jihovýchodní části městského opevnění. Přízeň nového zeměpána, Mikulášova syna Jana I., řád sice načas ztratil, nejpozději od roku 1377 však došlo ke zřízení samostatné komendy v Opavě v podobě soukromé fundace přímo z iniciativy přemyslovského rodu.
Kostel byl trojlodní, síňového typu o třech polích v každé lodi. Měl užší pětiboký a zaklenutý presbytář s lomenými okny a tufitovými kružbami. Zlomky žeber klenby byly ještě před několika málo lety zachovány v barokní ohradní zdi. Koncem století došlo v souvislosti se stavbou nedalekého zeměpanského hradu a s přeložením městských hradeb v tomto úseku ke včlenění kostela do městského areálu. Z jihovýchodní strany chrám obkroužila hradba, což si vyžádalo přestavbu jeho trojlodí. U kostela pak byla zřízena menší branka (tzv. fortna) a vybudována hranolová věž.
Další zásah do objektu je spojen s jeho opravou po požáru města v roce 1431 a následnou přístavbou sakristie na severní straně presbytáře. Dlouhá kaple, zaklenutá obkročnou klenbou nesenou tufitovými žebry, měla v patře zděnou část sloužící jako pokladnice, do níž vedlo vřetenové schodiště v dodnes dochované vnější věžičce. Po následujícím požáru, jenž zachvátil Opavu v roce 1689, podstoupil kostel na počátku 18. století barokní přestavbu. Byly obezděny gotické pilíře trojlodí, upravena téměř všechna okna, průčelí dostalo novou fasádu a novou věž za jejím štítem, která nahradila sanktusní věžičku na hřebeni střechy. Při osvobozování Opavy v dubnu 1945 byl objekt těžce poškozen a následně stržen. Samotný kostel prošel v průběhu 19. století několika úpravami, kdy bylo například vystavěno nové klasicistní průčelí. V závěru století pak byla stavitelem Juliem Lundwallem vystavěna nová věž, která byla rovněž za války poškozena. Dnešní podoba kostela je výsledkem poválečné rehabilitace, dřevěná věž je však historicky nevěrohodnou rekonstrukcí.
V interiéru kostela se podařilo dochovat kamenný náhrobník vratislavského světícího biskupa Bernarda Symbalského. Deska s rytinou biskupovy postavy je po obvodu doplněná pozdně gotickým nápisem z období po roce 1453. Není však patrně domácího původu, byla zřejmě do Opavy přivezena z Nisy či Vratislavy. V presbytáři rovněž najdeme dvě cenné náhrobní desky řádových komturů z 16. století – Jiřího Lasoty ze Stéblova a Jiřího Adelsbacha z Damsdorfu. Uvnitř kostela se nachází taktéž socha Trpícího Krista z 16. století a hlavní oltář zdobený zlaceným boltcovým ornamentem s obrazy opavského malíře Ignáce Günthera. Ve venkovním výklenku lze spatřit sochu sv. Jana Nepomuckého, která byla do 50. let 20. století umístěna poblíž mostu přes řeku do Kateřinek.
V roce 2020 byla na portálu Startovač, zabývajícím se crowdfundingem, spuštěna kampaň za obnovu kostela. Díky štědrým přispěvovatelům a iniciativě patriotů se povedlo obnovit gotickou bránu, chystá se natření věže či aktualizace dokumentace statického zajištění presbytáře.
